半定量RT-PCR与定量RT-PCR的区别是半定量RT-PCR操作简便，可快速推测样品中特异mRNA的相对数量；而定量RT-PCB可实时定量，较半定RT-PCB更准确。

半定量反转录－聚合酶链反应（semi-quantitativereversetranscriptionandpolymeraseChainreaction,SqRT-PCR）是近年来常用的一种简捷、特异的定量RNA测定方法，通过mRNA反转录成cDNA，再进行PCR扩增，并测定PCR产物的数量，可以推测样品中特异mRNA的相对数量。

定量RT-PCR（quantitativereversetranscriptionandpolymeraseChainreaction,qRT-PCR）是在用一步法或两步法，在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。

半定量RT-PCR需要跑电泳，根据条带亮度的强弱来判断模板拷贝数的高低或者是表达量的高低，而定量RT-PCR则无需电泳可以实时监测整个PCR的全程并且由给出的Ct值及StandardCurve来判断gene拷贝数的高低。