1、从DNA：RNA杂交体中去除未杂交的RNA区。

2、确定RNA或DNA中的单碱基突变的位置。在RNA：DNA或RNA：RNA杂交体中，若存在单碱基错配，可用RNAseA识别并切割。通过凝胶电泳分析切割产物的大小，即可确定错配的位嚣。

3、RNA检测。RNA酶保护分析法（RNAseprotectionassay）是近年来发展起来的一种检测RNA的杂交技术。

其基本原理是利用单链RNA探针，与待测的RNA样品进行杂交形成RNA：RNA双链分子，由于RNA酶可专一性地降解未杂交的单链RNA，而双链受到保护不被降解，经凝胶电泳可以确定目的RNA的长度。

该方法灵敏度较Northern杂交法更高，并可进行较为准确的定量。选择适当的探针，还可进行基因转录起始位点分析及内含子（也称内元）剪切位点分析等研究。此法的灵敏度比核酸酶S1保护分析法高数倍。

4、降解DNA制备物中的RNA分子。须使用无DNAsd的RNAse（DNaseIfreeRNAse），市售的一般RNAseA常含有DNAse，可在100retool/ITris—CI（pH7．5）和15mmol/l。NaCI溶液中100℃加热15min，以去除之。