基因工程中，广泛使用的碱性磷酸酶有两种，一种是从大肠杆菌提取的BAP，另一种是从牛小肠提取的CIP。两种碱性磷酸酶均能催化去除DNA、RNA、rNTP和dNTP的5′磷酸基，产生5′羟基末端。两种酶反应均需Zn2+。区别在于BAP耐热，而CIP在70℃加热10分钟或经酚抽则灭活；CIP的特异活性较BAP高出10～20倍。因此，CIP应用更广泛。碱性磷酸酶主要用于：①去除DNA和RNA的5′-磷酸基，然后在T4多聚核苷酸激酶催化下，用［r-32P］ATP进行末端标记，继而进行序列分析；②去除载体DNA5′磷酸基，防止自我环化，降低本底，提高重组DNA检出率。